Pero además de sus experiencias como asistente, Alexis Mendoza estuvo como primer entrenador en el Junior de Barranquilla, Alianza Petrolera, Independiente Medellín, Independiente del Valle y la Selección Sub-23 de Honduras, con la que ganó el Torneo Preolímpico y clasificó a los Juegos Olímpicos de Beijing 2008.