De acuerdo a las investigaciones de Estados Unidos, “El Tigre” Bonilla explotó de manera corrupta su cargo para facilitar el tráfico de cocaína y usó la violencia, incluido el asesinato, para proteger a la célula particular de narcotraficantes políticamente conectados con los que se alineaba, incluidos Juan Orlando y Juan Antonio Hernández.
“A cambio de sobornos pagados con ganancias de drogas, Bonilla ordenó a miembros de la Policía Nacional de Honduras, que estaban armados con ametralladoras, que dejaran pasar cargamentos de cocaína a través de retenes policiales sin ser inspeccionados ni incautados”, señala la grave acusación contra el exjefe de la Policía.