Diversos historiadores coinciden en que tal anexión fue nociva para la América Central.
El hondureño Guillermo Mayes Huete afirma: “Solo nos trajo pérdidas, dificultades y pobreza... fue solo un incidente que los mismos hombres de julio de 1823 quisieron ignorar declarándola nula por ilegal, pues no se había cumplido con los requisitos establecidos en el Acta de Independencia del 15 de septiembre de 1821” (Honduras en la Independencia de Centroamérica y anexión a México. pp. 67, 70).
Adicionalmente, la nación centroamericana veía disminuido su territorio, ya que la élite de Chiapas, provincia de la Capitanía General de Guatemala, optó por incorporarse a México. La presencia de tropas de ese país, al mando de Vicente Filisola, contribuyó a esa decisión separatista.
En 1871 el gobernante guatemalteco Justo Rufino Barrios cedió Soconusco a México, en compensación por la ayuda prestada por el presidente Benito Juárez a los liberales guatemaltecos para desalojar del poder a los conservadores. Filisola convocó a un Congreso con representación de las cinco parcelas centroamericanas, tal como lo establecía el Acta independentista del 15 de septiembre 1821.
Por Honduras fueron electos diputados Joaquín Lindo, José Francisco Zelaya, Miguel Fiallos, Nicolás Irías, por Comayagua; Francisco Márquez y Próspero Herrera, por Tegucigalpa; Juan Esteban Milla, Jerónimo Zelaya, Miguel Pineda, por Gracias; y Francisco Javier Aguirre, por Olancho, para un total de diez parlamentarios. “En junio de 1823, aquel Congreso diseñado por Valle para iniciar sesiones en marzo de 1822, pudo, al fin, entrar en funciones.
El siguiente 1 de julio produjo una segunda declaratoria de independencia. Con el nombre aún provisional de Provincias Unidas del Centro de América, la nueva nación se declaraba independiente de España basándose en la imposibilidad de ser bien gobernados desde semejante distancia y en la manifiesta incapacidad y tiranía de la administración española, se declaraba, también independiente de México debido a la ilegalidad que había acompañado al proceso de anexión y la falta de consentimiento a ella por parte del pueblo centroamericano” (Marcos Carías, De la patria del criollo a la patria compartida.
Una historia de Honduras. p. 153). El 2 de julio el Congreso se convirtió en Asamblea Nacional Constituyente con el fin de redactar la Constitución Política que colocara las bases jurídicas de la nueva república, bajo el sistema de gobierno federal, rechazando el centralismo, lo que reflejaba la tradicional suspicacia de las antiguas provincias hacia la sede del poder y la riqueza: la ciudad de Guatemala.
Así se colocaban los cimientos del nuevo Estado nacional que pronto se vería enfrentado a fraude electoral, guerra civil, amenazas expansionistas del imperialismo británico (en posesión de Belice, Islas de la Bahía, La Mosquitia), hasta el eventual colapso ocurrido en 1838.