La misma fue precedida por la elección presidencial de 1902, que representa en la historia de Honduras en la (que) una oposición política tiene una oportunidad real de alzarse con una victoria electoral. Anteriormente todos los gobiernos habían surgido de las armas (ya sea por revolución, invasión externa o amenaza de la misma), de un “dedazo” del gobernante, o de un consenso con su venia. El segundo componente que permitía esta oposición era el compromiso del presidente Terencio Sierra de no reelegirse, y de cuidar al menos las apariencias de imparcialidad al inicio del proceso. La Constitución ya tenía la trampa tendida. La misma trampa que en las elecciones de 1923 y 1954: una elección indirecta de presidente en caso de no haber mayoría absoluta de sufragios. Al llevarse la elección al Congreso Nacional, se rehusa el quórum y se rompe el orden constitucional. (José Azcona, ed. Reivindicación. Historia de la guerra legitimista de Honduras en 1903 por Fernando Somoza Vivas). Tres aspirantes se postularon: Juan Ángel Arias (quien contaba con el respaldo oficial), Marco Aurelio Soto (tras su renuncia al poder en 1883 se había radicado en París) y Manuel Bonilla, cercano colaborador de don Policarpo durante su gestión presidencial. Contribuyó en los campos de batalla a la victoria de don Policarpo por acceder al poder. Sierra depositó el poder en el Consejo de Ministros el 30 de enero de 1903, siendo nombrado comandante general de la República. Desde el 15 de enero, Bonilla se preparaba en Amapala para la lucha armada, por estimar que “nuestra causa nada adelantará por los medios legales ni por la influencia exterior. Anteriormente, procuró acercarse al presidente guatemalteco Manuel Estrada Cabrera. (Ramón Oquelí. “Honduras desde 1900 a 1939”. Documentos para la historia de Honduras, tomo II, pp. 519-520). Tanto Estrada Cabrera como José Santos Zelaya se disputaban la hegemonía a escala centroamericana, misma que tradicionalmente había radicado en Guatemala. Conforme a los resultados electorales de octubre de 1902, en que ninguno de los tres candidatos obtuvo mayoría de votos, celebradas a fines de septiembre, tocó al Congreso escoger al sucesor de Sierra. En el Legislativo esta era la correlación de fuerzas: 17 diputados bonillistas, 13 aristas, 10 sotistas. El Congreso nombró como presidente a Arias el 18 de febrero. El 6 de marzo este proclamó el estado de sitio. El breve gobierno de Arias se desenvolvió en medio de la guerra civil, que duró desde el 7 de febrero hasta el 13 de abril, en que Arias capituló, siendo arrestado, permaneciendo preso hasta 1905 (Oquelí, R. p. 520).
Contando con el apoyo del presidente nicaragüense (Zelaya), que también lo había otorgado en 1893 para derrocar a Vázquez, los principales dirigentes liberales se reunieron en Managua el 9 de febrero de 1907. Nombraron una Junta de Gobierno que el 25 de febrero desconoció al gobierno de Bonilla, siendo reconocida por Zelaya. Transcurridas múltiples operaciones de ambos bandos, se decidiría en Namasigüe, del 7 al 23 de marzo... Nuevamente, los campos de Honduras se habían empapado, a torrentes, con sangre de hermanos.
