En una noche calurosa, el joven plantel del United monopolizó la posesión, pero le costó en demasía generar ocasiones claras de gol. Rompió el candado cuando Andreas Bjelland derribó a Anthony Martial dentro del área.
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Fernandes ejecutó de manera impecable la pena máxima para batir al arquero Karl-Johan Johnsson, de notable actuación, y adelantar al United a los 95 minutos del tiempo extra.
Mason Greenwood y Fernandes estrellaron remates en los palos durante el tiempo reglamentario. El videoarbitraje también amargó un par de situaciones de peligro del club inglés.
En la primera, el VAR anuló un penal señalado a favor del United tras confirmar una posición adelantada en la jugada previa.
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Poco antes del descanso, Greenwood marcaba en la red defendida por Johnsson tras un desborde por la banda derecha, pero el VAR mostró que estaba adelantado cuando Marcus Rashford le dio el pase.
El United empezó a frustrarse ante el planteamiento especulador de su rival, y se hicieron más frecuentes los remates desde larga distancia.
Los daneses hicieron acto de presencia en una fase de cuartos de final de una copa europea por primera vez en su historia.
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Los 'red devils' quedan a la espera del ganador del cruce del martes entre el Sevilla de España, cinco veces campeón de la Europa League, y el Wolverhampton de Inglaterra.
La semifinal se jugará el próximo martes.