Es el 15 de los 17 hijos de Juan Hernández Villanueva y María Elvira Alvarado Castillo.
Se graduó en la primera promoción del Liceo Militar del Norte y realizó sus estudios en la Universidad Nacional Autónoma de Honduras donde se convirtió en licenciado en Ciencias Jurídicas y Sociales, abogado y notario.
Además, posee un título de Maestría en Administración Pública con énfasis legislativa en Estados Unidos.
Mientras cursaba sus estudios en la UNAH, se involucró activamente en la política universitaria, hasta llegar a ser Presidente de la Asociación de Estudiantes de Derecho, de 1988 y 1989.
Hernández está casado con Ana Rosalinda García, con quien ha procreado cuatro hijos: Ivonne María, Juan Orlando, Ana Daniela e Isabela.
En 1990 su hermano, Marco Augusto ocupó la Primera Secretaría del Poder Legislativo y decidió llamarle para que fuera su Asistente Ejecutivo durante ese período, por lo que comenzó a relacionarse con líderes del Partido Nacional.
Como profesional de las leyes, Hernández ha sido miembro de varios bufetes de abogados y catedrático de Derecho Constitucional en la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales de la UNAH.
A los 30 años, se incorpora al Congreso Nacional de Honduras como diputado por Lempira.
Durante su segundo período, fue electo como primer secretario de la Junta Directiva. Durante su gestión se creó el sitio web del Congreso Nacional, como un instrumento para acercar el Poder Legislativo al pueblo.
En enero de 2010, el pleno del Congreso Nacional eligió a Juan Orlando Hernández Alvarado, como el presidente de la Junta directiva provisional de ese poder del Estado.
Como titular de ese Poder del Estado, impulsó diversos proyectos, entre ellos la creación de la Policía Militar de Orden Público (PMOP) y las Regiones Especiales de Desarrollo.
Esta es una línea de tiempo de su trayectoria en el Congreso Nacional de Honduras:
