De acuerdo con el informe del Ministerio Público, el dinero fue destinado para un irregular aumento en los sueldos de algunos funcionarios.
Marlon Oniel Escoto Valerio (exrector), Óscar Ovideo Redondo (ex secretario general, luego exrector), Francisco Javier Medina Cabrera, José Antonio Ramírez Alvarado, José Andrés Paz Díaz, Kenny Sirey Nájera Aparicio, Emilio Javier Fuentes Zúniga, Raúl Isaías Muñoz Hernández, Mirian Anabel Alvarado Muñoz, Juan Alberto Chavarría, Romeo Uclides Guevara, Víctor Javier Gonzáles Santos, Hilsy Lourdes Sanabria Ortega, Carlos Manuel Ulloa Ulloa, José Bayardo Alemán Mejía, Roy Donaldo Menjívar Barahona, José Luis Castillo Lanza, Jhonny Leonel Barahona y Ana Mireya Suazo, son los acusados de haber extraído fondos de la institución.
Todos eran miembros del Consejo Directivo entre los periodos 2010-2013 y 2013-2016.
En esta primera línea de investigación se logró acreditar cómo más de 164 millones de lempiras (Lps.164,266,334.19) fueron usados para incrementos salariales y pagos arancelarios repartidos a 82 miembros directivos y del claustro de maestros, siguiéndose para tal fin una serie de procedimientos con vicios de ilegalidad y sin respaldo financiero.
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Las investigaciones también evidencian una manipulación de informes técnicos mediante la contratación de una consultoría externa que dio paso a las ilicitudes cometidas, obviándose dictámenes legales y disposiciones generales del presupuesto.
Y simulándose una demanda al Estado bajo la modalidad de reclamo administrativo, con la que se dio una autoconciliación, en la que los mismos demandantes al ser parte del Consejo Directivo resolvieron hacerse efectivo el pago de remuneraciones y sueldos caídos desde el año 2009 hasta el 31 de mayo de 2011.