El bautismo de fuego experimentado por Morazán quedó definitivamente confirmado en La Trinidad, con los antecedentes bélicos preliminares ocurridos en la hacienda La Maradiaga en abril de 1827 cuando participó en la defensa de Comayagua, sitiada por fuerzas federales enviadas desde Guatemala por el presidente Arce que culminaron con el arresto y encarcelamiento del jefe de Estado, Dionisio de Herrera; previamente se había atentado, sin éxito, asesinarlo.
En dicho latifundio Morazán organizó una milicia, integrada por salvadoreños y nicaragüenses, contando con la colaboración de los coroneles Remigio Díaz y José Antonio Márquez.
El 11 de noviembre de 1827, Morazán derrotó decisivamente a las fuerzas invasoras comandadas por los coroneles Justo Milla y Francisco Cáscara. Sin poseer formación académica en el arte de la guerra, reveló su pericia como estratega. Los ejércitos enfrentados estaban constituidos por la caballería e infantería: cazadores y fusileros.
Así comentó en sus Memorias tal triunfo: “En la Villa de Choluteca, con el auxilio que mandó el gobierno de El Salvador, pude organizar una considerable división y en el campo de La Trinidad acreditar a los hondureños que era llegada de romper sus cadenas. Milla fue allí completamente batido, dejando en nuestro poder los elementos de guerra que había acumulado, y la correspondencia oficial de que ya he hecho mérito. La vanguardia sola consiguió este triunfo, en que se distinguieron los coroneles Pacheco, Valladares y Díaz. A los de igual clase, Márquez, que había quedado malo en Pespire; Gutiérrez, que en unión de Osejo y el capitán Ferrera conducían la retaguardia, no les fue posible encontrarse en
la acción.
Libres ya los pueblos de Honduras de sus enemigos, me dediqué a la reorganización del Estado”, tras haber sido nombrado jefe de Estado por el Consejo Representativo.
Ya en esta acción de armas, Morazán demostró una actitud conciliatoria hacia los vencidos, algo que caracterizaría su trayectoria militar, en que resaltan posteriores victorias alcanzadas en Gualcho y San Antonio (1828), Mixco, San Miguelito, Las Charcas, Guatemala (1829), Opoteca (1830), Jocoro, San Salvador (1832), San Salvador, San Jacinto (1834), Mataquescuintla, Chiquimulilla (1838), Las Lomas, Espíritu Santo, San Salvador, San Pedro Perulapán (1839), Guatemala (retirada), La Laguna (1840), siendo derrotado en Guatemala por Carrera y en San José, Costa Rica, por los josefinos insurrectos, desembocando en su fusilamiento (1842), sin concederle el derecho a la defensa.
Morazán era de la convicción que “jamás se puede obtener un triunfo con hombres forzados”, tal como lo expresó en la arenga dirigida a sus tropas en
San Jacinto.
Apegado siempre a la ley en sus actuaciones como civil y guerrero, pudo afirmar: “Yo protesto a la faz de los pueblos cuya causa sostengo, que el Ejército que tengo el honor de mandar sabrá defender la ley fundamental a costa de su sangre y sostener los sagrados derechos consignados en ella”
