El obispo Emiliani se ha enfocado también en darle un tratamiento humano a la población que está recluida en los centros penales.
Desde hace varios años viene luchando para construir una granja penal que trate con dignidad humana a los reclusos del centro penal sampedrano.
Medió entre las pandillas MS y la 18 para que estos grupos plantearan una tregua a la sociedad.
Emiliani ha trabajado más de diez años en el rescate y la reinserción de los pandilleros a la sociedad.
Fue así que en mayo pasado los jefes de las dos pandillas comparecieron ante los medios de comunicación para expresar, de manera oficial, su deseo de tregua, con la mediación de Emiliani.
El prelado es fuerte creyente que esta tregua es un buen inicio para disminuir los niveles de violencia en el país, que actualmente está ubicado como el más violento del mundo, con una tasa promedio de 85 muertes por cada cien mil habitantes.
Por su posición y mediación con las maras, incluso ha recibido fuertes críticas. Muchos dijeron que la tregua sería olvidar el sufrimiento y el dolor de los parientes de las víctimas de las maras.