En la ciudad de Wamena, unas 22 personas murieron en una manifestación que concentró a centenares de jóvenes y durante la que varios edificios terminaron en llamas.
Algunas personas murieron en el incendio y más de 70 quedaron heridas. Podría haber más cuerpos entre los escombros, según la policía.
El ejército dijo que detuvo a unas 700 personas tras enfrentamientos registrados en esta localidad.
De interés: Unión Europea falla a favor de Google en un caso sobre privacidad
Las autoridades confirmaron que la mayoría de las víctimas no eran locales, lo cual hace temer un aumento de la violencia contra migrantes procedentes de otras islas del archipiélago.
En otros lugares, la violencia opuso a los manifestantes separatistas y a las fuerzas indonesias.
Estos enfrentamientos se registran en Papúa desde el 19 de agosto, en reacción a unos incidentes racistas, y van unidos a peticiones para que se organice un referéndum sobre la independencia.
La provincia de Papúa conoce una rebelión independentista esporádica contra el gobierno indonesio, que tomó el control de la región, rica en recursos naturales, en los años 1960, tras la colonización holandesa.
La parte oriental de la isla está ocupada por Papúa Nueva Guinea, un Estado independiente, desde 1975.
Vea además: Seis muertos en el accidente de un vehículo que transportaba migrantes
