Durante este último tercio del siglo decimonónico ocurrieron cambios de suma importancia en la economía, política y cultura que han repercutido hasta el presente: el renacimiento minero, tras la crisis del XVII y el agotamiento de los depósitos explotados hasta entonces.
La llegada al país de inversionistas estadounidenses con capitales y tecnologías hicieron posible tal reactivación, encabezada por la New York and Rosario Mining Co. en 1880, explotando la mina de San Juancito, mediante concesión otorgada por el gobierno de Soto, política concesionaria bajo el modelo extractivista que implicó sacrificios fiscales.
Continuados por sus sucesores hasta la actualidad, en detrimento de la salud y reservas forestales de sus habitantes. También Yuscarán presenció un corto florecimiento minero.
La llegada al poder de Soto y su primo Rosa, con previa experiencia política administrativa en la Guatemala de Barrios, fue facilitada por la intervención guatemalteca, nuevamente bajo control liberal tras el derrocamiento del último gobernante conservador.
Barrios se convirtió en el nuevo caudillo regional, hasta su muerte, lo que permitió la emergencia de José Santos Zelaya y la influencia nicaragüense. Su respaldo político-militar permitió a Policarpo Bonilla acceder al poder (1894).
La administración Soto (1876-1883) implementó transformaciones significativas denominadas Reforma Liberal, previamente aplicadas en el México de Juárez y la Guatemala de Barrios. Entre ellas la separación Iglesia-Estado, reactivación de la Universidad Nacional bajo el modelo filosófico positivista, el registro civil, secularización de camposantos, renacimiento cultural con la inauguración del Archivo y Biblioteca Nacional, el impulso a la educación pública, gratuita y laica, la contratación de docentes extranjeros.
En lo económico se intentó, sin éxito, fomentar el cultivo del café en gran escala, siguiendo el modelo costarricense, salvadoreño y guatemalteco, que posibilitó la formación de oligarquías exportadoras del grano y la consiguiente acumulación de capitales en manos de nacionales. Se inició la profesionalización de la fuerza pública.
Se tendieron las primeras líneas telegráficas, que permitieron un mayor grado de control del gobierno central respecto a las autoridades departamentales y municipales.
Se otorgó asilo y empleo a patriotas cubanos independentistas. Para conocer el estado real del país se fundó la Dirección de Estadística, a cargo de Antonio R. Vallejo, padre de la historiografía hondureña.
El traslado de la capital, de Comayagua a Tegucigalpa (1880), ha sido vinculado con el hecho de la participación de Soto, como accionista, en la Rosario Mining Co., que le permitió, tras su renuncia obligada de la presidencia, por desacuerdos con Barrios, residir en París, en donde falleció.
La fundación del Banco de Honduras por parte del que llegó a ser el hombre más rico de Honduras, en su momento, Santos Soto, evidenció que un núcleo de capitalistas hondureños constituía el embrión de la clase capitalista local, eventualmente desplazada por extranjeros como el eje del comercio e industria nacional
