'Panamá' y 'Mandaime' fueron los primeros nombres de este municipio, que posteriormente fue llamado San Marcos de Colón.
Ubicado a 960 metros sobre el nivel del mar, este municipio de clima templado es el punto fresco de Choluteca, y por su clima y verdes montañas es conocido en la zona como el 'oasis del sur'.
La ciudad tiene 41 barrios y colonias, 17 aldeas y 229 caseríos, y está a una distancia de 12 kilómetros de la aduana La Fraternidad, frontera con Nicaragua.
San Marcos de Colón es un lugar tranquilo de gente trabajadora y amigable. Entre los lugares que puede visitar dentro de la ciudad está el Fuerte Pérez, con una extensión de unas 20 hectáreas en el cerro El Mogote, construido a inicios de 1930, y en el que se conservan las trincheras de piedra que fueron levantadas porque el general José Pérez temía una invasión nicaragüense. Desde aquí usted puede apreciar una vista panorámica de la ciudad. Otra de las atracciones es el Parque Cabañas, un espacio limpio y rodeado de árboles donde puede ir a sentarse para disfrutar un momento de tranquilidad o simplemente platicar. La Francia, la casona de amplio corredor central y techo de teja, es una referencia de la historia comercial de la ciudad, a la que llegaron franceses e italianos a establecer sus negocios; esta casa fue construida en el siglo XIX y perteneció a una familia francesa, en la actualidad es considerada un monumento cultural del municipio.
Si de lugares para disfrutar de la naturaleza hablamos, debemos mencionar la aldea de Cacamuyá, donde está la cascada La Mina y la cascada La Loma del Salto, sitios propicios para el ecoturismo. En la línea fronteriza con Nicaragua está El Caulato, donde el río Wans, Coco o Segovia forma una caída de agua que desemboca en la poza del Caulato.
Si quiere vivir otro tipo de experiencia puede visitar la zona “Las minas”, en la montaña de La Botija, que está entre los mejores destinos para acampar en Honduras. Otra zona que puede ser visitada es la plantación de helechos, con una extensión de 42 hectáreas y cuyos productos se exportan a Europa para orgullo de los sanmarqueños.
Y una atracción de la zona, y que no tiene que ver con historia ni naturaleza, es el recientemente inaugurado Parque Eólico San Marcos, que no solo genera energía limpia al municipio, sino que atrae al turismo.