Según el reporte, el tsunami, de 1,2 metros, tocó la isla meridional de Amami a las 23H55 del sábado (14H55 GMT), en tanto que en otras partes del litoral del país podía observarse un tsunami de menor amplitud.
Las costas orientales de la isla más septentrional de Hokkaido, así como las regiones suroccidentales de Kochi y Wakayama, también sufrieron un tsunami de hasta 0,9 metros poco después de la medianoche, según la agencia.
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La cadena nacional NHK empezó una programación especial y emitió imágenes en directo desde los puertos de las regiones afectadas, pidiendo a los residentes de la zona que huyeran a zonas más altas.
Sin embargo, las imágenes no mostraron hasta ahora situaciones de anormalidad.
Un funcionario de la agencia meteorológica dijo en una rueda de prensa televisada a medianoche que la agencia había detectado un cambio de marea superior a un metro después de las 11 de la noche.
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La agencia no lo clasificó inmediatamente como tsunami. Sin embargo, decidió activar los sistemas públicos de alerta de tsunami para pedir la evacuación de los residentes de Amami.
'No sabemos en este momento si se trata de un tsunami, pero se ha observado un fuerte cambio de marea, por lo que estamos instando a los residentes a responder', dijo el funcionario en la conferencia de prensa.